Il Rio Saldura viene monitorato dagli anni Ottanta dal laboratorio chimico e biologico della Provincia Autonoma di Bolzano. Lungo i 22 chilometri di lunghezza del torrente si trovano 4 stazioni di rilevamento principali. Una di queste fa parte di una rete regionale e nazionale di monitoraggio della qualità biologica delle acque. Dal 2011 vengono monitorati parametri fisici, chimici e biologici del Rio Saldura. Oltre alle 4 stazioni principali, lungo il fiume sono distribuite anche 16 stazioni di monitoraggio minori sui maggiori affluenti del torrente nella parte superiore del bacino idrografico.